Микробиологична лаборатория се намира на първия етаж в обща сграда с Пневмо – фтизиатрично и Кожно – венерологично отделения на МБАЛ. В нея работят квалифицирани кадри с придобита специалност „Микробиология”.
В Микробиологична лаборатория се доказват причинители на уроинфекции, половопредавани заболявания, диариен синдром, сепсис, инфекции на горни и долни дихателни пътища, на сетивни органи, раневи, кожни и други инфекции.
Лабораторията разполага с възможности за доказване на следните трудни за култивиране микроби и причинени от тях заболявания: анаеробни инфекции; хемофилусни инфекции; менингокови инфекции; туберкулоза; ротавирус; хеликобактер пилори.
Оборудвана е със съвременна апаратура за биохимична индентификация и определяне на
антибиотична резистентност – MERLIN. Използват се класически методи за изолация на бактериите чрез посявки, микроскопиране, имунологични методи, както и бързи тестове за установяване на причинителя директно в клиничния материал.
В лабораторията се извършва и диагностика на сифилис, ревматизъм, ревматоиден артрит, вирусен хепатит, СПИН, Лаймска болест, инфекциозна мононуклеоза, цитомегаловирус, херпес симплекс вирус тип 1. За доказването на вирусологичните изследвания се използва ЕЛИЗА апаратура. Лабораторията участва в Система за външна оценка на качеството, за което е сертифицирана, както и в Националната система за контрол и мониториране на антибиотичната резистентност.